Az intézmény 1978 szeptemberében kezdte meg működését Győr egyik peremkerületében, a József Attila lakótelep szélén, Általános Iskola Győr, Konini u. 2-4 elnevezéssel. A 400-500 tanuló képzésére tervezett 16 tanteremben, 51 pedagógussal, 29 osztállyal és 10 napközis csoporttal indult el az oktatás.

Az első tanévben 891 tanulója volt az iskolának, 94 első osztályossal, majd a demográfiai csúcs 1556 diákkal az 1982/83-as tanévben következett be.
Alapvetően Győr-Szabadhegy és a József Attila lakótelep adta az iskola tanulóinak utánpótlását.
A második öt évben a tanulólétszám csökkent, mert 1983-ban megépült a lakótelep harmadik általános iskolája, így az 1983/84-es tanévet már „csak” 1211 tanulóval indulhatott.
1984 májusában Ortutay Gyula Herder-díjas néprajzkutató nevét vette fel az iskola.

Az 1988-tól induló ciklus rögtön profilváltással kezdődött, ami az iskola nevét nem módosította, de az Ortutay Gyula Általános Iskola az év szeptemberétől értékközvetítő- és képességfejlesztő program (ÉKP) szerinti működött tovább. Az új pedagógiai paradigma több évtizedre vonatkozóan megváltoztatta a tantárgyi rendszert. Bevezetésre kerültek az értékek közvetítését célzó tantárgyak és tevékenységek: etika, önismeret, honismeret, néprajz, bábozás, néptánc, sakk, emberismeret, környezet- és vizuális kultúra, vallástörténet. Mindez az „egésznapos” iskolai foglalkozás keretében valósult meg, melyet a mai napig megőriztünk az első hat évfolyamon.

1996 januárjában Győr Megyei Jogú Város Önkormányzata módosította az iskola Alapító Okiratát, és az intézményt Ortutay Gyula Képességfejlesztő Általános és Középiskolává nyilvánította, így iskolánk többcélú intézmény lett. Szeptembertől elindult a 6 osztályos gimnáziumi képzés, 1998 szeptemberében pedig először volt gimnáziumi osztály a 9. évfolyamon.

2000 júliusában az akkori fenntartó az iskolához integrálta a közeli Lepke utcai óvodát, ezért az intézmény új neve Szabadhegyi Közoktatási Központ lett.

Az Európa Uniós tagságra szóló felkészülés újabb feladatra késztették az
iskola vezetését, az intézmény részt vett a CERNET – program keretében megvalósuló projektben, ahol 4 ország (Csehország, Szlovákia, Magyarország és Ausztria) működött együtt.
2000 szeptemberétől Magyarországon először indult felmenő rendszerben német és angol nyelven az ÉKP-ra épülő Európastúdium az 5. évfolyamon. 2001 szeptemberétől pedig a 9. évfolyamon is bevezetésre került a már német nyelven kidolgozott program, amivel 2002 novemberében iskolánk elnyerte az Európai Nyelvi Díjat. Az innováció eredményként ma az Európa-ismeret tantárgyat angol és német nyelven tanulják a diákok 5-12. osztályban.
Ebben az évben sikeresen érettségizett az első 26 diákunk, akik 6 éves koruktól ÉKP szerint tanultak, jó eredménnyel.
Ugyancsak 2002-ben kezdődött meg az iskola bővítése, ami 2003 szeptemberére befejeződött, amelynek során iskolánk akadálymentesítését is elvégezték. Az épületben lift működik, a bejáratnál pedig egy feljáró segíti a közlekedést.

Az általános iskolában 2010-ig – egészen az AUDI Iskola indításáig – német anyanyelvű diákjaink is voltak. 2005 szeptemberében iskolánk a Győr Megyei Jogú Város felkérésére magyar – német kétnyelvű intézmény lett.
Az alsó tagozaton elkezdődött az a különleges munka, ami a magyar és a német diákok együtt tanulását biztosította. Az új akkreditált program a német gyerekek beilleszkedése mellett a magyar gyerekek korszerű és intenzív idegen nyelv oktatását is szolgálta, amit az intézmény új neve Szabadhegyi Közoktatási Központ, Magyar-Német Óvoda, Általános Iskola és Gimnázium is tükrözött.

2006 augusztus 31-én Győr Megyei Jogú Város Önkormányzata, az Audi Hungaria Motor Kft., a Pro Schola Alapítvány és az intézmény aláírták a magyar/német óvodáról és iskoláról szóló négyoldalú együttműködési megállapodást, amely lehetővé tette a magyar-német projekt felmenő rendszerű megvalósítását.
A 8. évfolyamig akkreditált projekt a 2012/2013-as tanévben teljesedett ki, amikor már minden évfolyamon, legalább az egyik osztályban e projekt szerint tanultak a diákok.

A 2004/2005. tanévtől indult iskolánkban angol és német nyelvi előkészítő osztály a Világ – Nyelv Program keretében, ahol német vendégtanárok segítségével megkezdődött a „Német Nyelvi Diploma” nyelvvizsgáira történő felkészülés. 2007-ben lett az intézmény hivatalosan DSD iskola és az első DSD II diplomákat a 2008/2009-es tanévben vehették át végzős középiskolás diákok.
2008-ban PASCH-iskola („Iskolák: a jövő partnerei”) lettünk.
Az intézmény fenntartójával történt egyeztetést követően a 2009/2010-es tanévben az 5 évfolyamos nyelvi előkészítő középiskolai osztályunk mellett 4 évfolyamos szakközépiskolai ügyviteli osztály kezdte meg működését, ahol az idegen nyelvi ügyfélkapcsolati szakügyintéző szakma alapjait sajátították el a diákok. Az új feladat következtében iskola neve is megváltozott: Szabadhegyi
Közoktatási Központ, Magyar-Német Óvoda, Általános Iskola és Középiskola lett. Az utolsó szakközépiskolai osztály a 2012/2013-as tanévben indulhatott.

2011 augusztus 1-jén – a Győrben végrehajtott szerkezetátalakítás miatt – az iskolát két intézményegységre bontották: általános iskolaira és középiskolaira (mindegyik élén egy-egy intézményegység-vezetővel), és mindkettő a Gyárvárosi és Szabadhegyi Főigazgatóságnak, mint többcélú intézménynek lett egy-egy intézményegysége a Gyárvárosi Általános Iskola és a Kodály Zoltán Általános Iskola mellett.

Előállt egy új helyzet: 2011-ig az általános iskolai és a középiskolai feladatellátás szervezetileg egy iskolában valósult meg, azóta viszont két külön intézményegységben, közös épületben, közös infrastruktúrával, közös tantestülettel és közös hagyományokkal, amit az intézmény neve is tükrözött: Gyárvárosi és Szabadhegyi Főigazgatóság Szabadhegyi Magyar-Német Általános Iskola és Szabadhegyi Magyar-Német Középiskola. 2012-ben ismét módosult az intézmény neve Gyárvárosi és Szabadhegyi Általános Iskola és Középiskola lett.

2013 január 1-jén újabb változás következett be azzal, hogy a Főigazgatóság és annak intézményegységeként általános iskolánk fenntartás szempontjából a Klebelsberg Intézményfenntartó Központhoz került. A működtetésünk továbbra is Győr Megyei Jogú Város Önkormányzatánál maradt a II. sz. Gazdasági Működtető Központhoz tartozóan.

2015 novemberében átadásra került iskolánk udvarán a szabványos méretű műfüves labdarúgópálya, ami nagy segítséget jelentett a mindennapos testnevelés színvonalas megvalósításában.

A főigazgatóságok felbomlása után a tanévet 2014. szeptember 1-én Szabadhegyi Magyar-Német Két Tanítási Nyelvű Általános Iskola és Középiskola néven kezdte meg intézményünk. Iskolánk a 2016. évi tanévkezdésre nyerte el véglegesnek tűnő formáját: Szabadhegyi Magyar-Német Két Tanítási Nyelvű Általános Iskola és Gimnázium.

Ha a várható tendenciákat számításba vesszük, jó esély van rá, hogy az ötvenedik évfordulóját azonos néven, 24 általános iskolai és 4 gimnáziumi osztállyal ünnepelheti majd a szabadhegyi iskola.